Во избежание этого в личном кабинете, в разделе "Покупки", в качестве одной позиции добавляйте посылку (с её трек-номером), а не каждый товар, входящий в неё.
Если же было добавлено несколько товаров с одним трек-номером, и какой-то из них уже отмечен числящимся на складе, то, соответственно, посылка с данным трек-номером со всеми товарами в ней уже на нём.
При этом позицию товара с дублирующимся трек-номером, которая числится как ожидаемая, я так понимаю, можно просто удалить. Если требуется сделать что-то другое, то, возможно, кто-то поправит.
// Приложенные Вами скриншоты не отображаются.